有部分囊腫是可能會影響懷孕的，比如生理性囊腫，包括卵泡囊腫或者是黃體囊腫、濾泡囊腫等，一般不會影響懷孕的，并且通過規(guī)律的超聲下的復(fù)查，可以自然消失的。而炎癥性的囊腫如果合并輸卵管積水，子宮內(nèi)膜炎或者是盆腔炎等，可能會通過影響受精卵的著床等方面來影響患者的懷孕。 

比較特殊的一種卵巢囊腫的類型是巧克力囊腫，又稱為子宮內(nèi)膜異位囊腫，是子宮內(nèi)膜異位癥的常見類型之一，這樣疾病的患者可能會通過影響盆腔內(nèi)的免疫微環(huán)境，以及造成排卵障礙，或者是黃體功能不良等等方面來影響懷孕的整體的過程，所以卵巢囊腫首先明確性質(zhì)，才能決定具體的治療方式以及對患者是否懷孕有影響。